Logo que instalei o Visual Studio em minha máquina recém formatada, recebi a mensagem "Some XML Package failed to load ... " na primeira execução do VS. Toquei adiante e percebi que o editor de xml (o que edita o web.config, app.config entre outras coisas) simples sumiu, ou seja, eu editava esses arquivos como se fossem texto puro.
Deixei isso quieto até me incomodar de vez e resolvi procurar uma solução. Não descobri o motivo do erro, mas encontrei um comando que resolveu minha situação:
\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\Common7\IDE\devenv /ResetSkipPkgs
Obviamente você deve ajustar o comando para apontar para a localização do seu diretório Common7\IDE.
Esse comando starta o Visual Studio e reseta todos os arquivos de configuração suprimidos pelo Visual Studio.